En la noche del 6 de Octubre de 1571, la flota otomana abandonó el puerto de Lepanto y salió en búsqueda de la flota cristiana; la encontró al día siguiente, en la entrada occidental del Golfo de Patras, entre la isla de Oxia y el Cabo Skropha, emplazándola al combate. La flota cristiana se formó frente a dicha isla, con el fin de atacar a los turcos. La escuadra de don Álvaro de Bazán quedó a media milla de la línea del frente, lista para apoyar en donde fuese necesario. Él fue el encargado de que la flota cristiana levara anclas muy temprano y tomara posiciones 15 millas afuera del Golfo de Patras.
El 7 de Octubre, domingo, se celebró misa a bordo de la flota cristiana con especial solemnidad, puesto que el combate estaba próximo. Después de la misa, el ambiente era de tranquilidad; el mismo don Juan de Austria había prohibido estrictamente las maldiciones y blasfemias, tan frecuentes y comunes entre los marineros. En la flota turca, los navíos se cimbraban bajo los cánticos guerreros y el sonido de las flautas, tambores y címbalos, y tomaron posiciones en forma de una media luna, mucho más extensa que la flota cristiana. Ali Pascha tenía planeado atacar a la flota enemiga desde los flancos y desde allí envolverla, así que desde su imponente “Sultana”, su buque insignia, ordenó el ataque de sus 92 galeras en el centro de la formación, en tanto Mohamed Scirocco, con sus 56 galeras egipcias, debía rodear a las galeras venecianas navegando lo más cerca posible de la costa, en una arriesgada maniobra. En el flanco izquierdo, Uludsch Ali, con 63 galeras argelinas y turcas, debía enfrentarse a su viejo rival, Giovanni Andrea Doria.
Don Juan de Austria había elegido como su buque insignia a la galera “La Real”, un navío relativamente ligero, con gran capacidad de maniobra y de gran velocidad. Al acercarse ambas flotas, el viento cambió favoreciendo a los cristianos, quienes vieron en esto un signo de que Dios estaba con ellos. En ese momento, “La Real” disparó una salva completa en dirección a “La Sultana”. El combate había comenzado. En realidad, había empezado minutos antes, cuando unos navíos turcos quisieron rodear a las galeazas venecianas y fueron recibidas con una poderosa salva de cañones y arcabuces, por lo que muchas se hundieron y otras quedaron inservibles. Los artilleros cristianos se mostraron como superiores a sus contrapartes turcos, que disponían, como ya dijimos, de pocos cañones. Mientras los cristianos disparaban solamente desde muy cerca, a quemarropa, alcanzando al enemigo en la línea de flotación con consecuencias funestas, los turcos disparaban a los aparejos, por lo que su ataque no fue tan demoledor como el de la flota de la “Liga Santa”.
La Sultana embistió a La Real, y, al punto, ambas partes lanzaron cuerdas de abordaje. Sin embargo, los turcos no contaban con las redes protectoras de los españoles, quienes se lanzaron a la carga, acompañados de soldados sardos. El combate a bordo de ambos buques insignia fue brutal. Don Juan de Austria recibió una herida en la pierna, mientras que Alí fue alcanzado en la cabeza por una bala, pero no murió, sino que trató de incorporarse, lo cual impidió un soldado español, que lo decapitó hábilmente y colocó su cabeza en una pica. Sin embargo, este hecho no ha podido comprobarse de manera fehaciente. Lo único cierto es que el gran almirante turco murió en combate, por lo que la moral de sus tropas se derrumbó. El continente central de la flota turca quedó prácticamente eliminado.
En ambos flancos de la formación de batalla las cosas no fueron tan rápidas como en el centro. La escuadra de Scirocco era mucho más poderosa que la de los venecianos, por lo que el barco del almirante Agostin Barbarigo fue atacado al mismo tiempo por ocho galeras egipcias. Barbarigo, para infundir valor a los suyos, peleó sin cubrirse con un escudo, por lo que, en medio de una lluvia de saetas, murió al recibir una flecha en un ojo. Su lugarteniente, Federigo Nani, tomó el mando, los italianos no se arredraron y siguieron combatiendo como si nada. Unas seis galeras venecianas fueron hundidas y todo parecía indicar que los egipcios vencerían, pero de pronto, los galeotes cristianos a bordo del buque insignia de Scirocco organizaron un motín y, en medio de la trifulca, el almirante turco cayó al agua y los tripulantes de una galera cristiana lograron degollarlo. La imagen de la cabeza del almirante turco en una pica hizo desmoronarse la moral de los suyos, que trataron de huir por tierra. Los cristianos los persiguieron y aquello fue otra carnicería. El almirante Venier, como dijimos, ya de 70 años, dio muestras de energía y valor: se quitó su armadura para estar más cómodo, se calzó unas pantuflas para no resbalarse en la cubierta, y se puso a disparar el arcabuz con enorme y mortal precisión contra sus enemigos.
Hacia el sur, la batalla casi se pierde por causa del temor de Giovanni Andrea Doria. Él y sus compañeros genoveses habían jurado no perder sus barcos en la batalla. Pensó que podría esquivar a Uludsch Ali sin tener que combatir. Doria extendió demasiado su línea de batalla, por lo que Don Juan, al tiempo que peleaba valerosamente espada en mano, observando dicho movimiento, le ordenó detener la maniobra para evitar que surgieran huecos en la línea de batalla. Sin embargo, Doria, que no acostumbraba obedecer órdenes de quienes consideraba menos inteligentes (en esto era igual que su rival turco), no hizo caso de las órdenes de su comandante, por lo que provocó un espacio libre de varios cientos de metros, que obviamente fue aprovechado por Uludsch Ali para colarse por allí y atacar a las galeras de los malteses. Después de un feroz combate, pudo capturar momentáneamente a su nave capitana y al prior de los malteses, malherido, junto a dos hombres más. Fueron los únicos tres sobrevivientes de un contingente de unos 30 caballeros de la Orden de Malta, que se llevaron a la muerte a cerca de 300 turcos y argelinos. Uludsch Ali fue el único almirante turco que logró salir vivo de la batalla y capturar una bandera al enemigo. Sus 13 galeras fueron las únicas que quedaron de la otrora orgullosa flota otomana.
Después de cinco horas de batalla, cerca de las 4 de la tarde, el combate cesó. La Santa Liga perdió cerca de 7 000 hombres y 12 galeras, pero liberaron a 12 000 esclavos cristianos; los turcos perdieron a más de 25 000 hombres y unas 180 galeras. Ha sido la batalla naval con el mayor número de bajas en un solo día. Los otomanos requirieron de muchas décadas para reponerse del desastre y el frente naval del Mediterráneo occidental ya no se vio amenazado por ellos. Al morir Pio V al año siguiente, la Liga Santa se desbarató, por lo que los venecianos quedaron solos haciendo frente a los turcos. Quizá hubiese sido posible un asalto a Constantinopla, como los venecianos proponían, aprovechando la momentánea debilidad del enemigo, pero no fueron secundados por Felipe II. De todas maneras, el mito de la invencibilidad de los otomanos cayo por tierra, lo que animó a los europeos, pero no tanto como para consolidar una alianza duradera.
Ni don Juan de Austria ni su medio hermano Felipe II le recriminaron a Doria su cobardía y su negligencia, quizá también en reconocimiento a la reacción del genovés al ver su error, pues se lanzó con denuedo en persecución de los turcos cuando vio que se colaban por el hueco que había provocado. Pero el que no pudo ocultar un acceso de furia fue el papa Pio V (canonizado en 1712), quien de suyo era generoso, afable, bondadoso y conocido por su intensa vida espiritual; no obstante, decretó que, si Doria llegase a poner un pie en los territorios papales, fuese colgado de inmediato, sin mayor trámite.
La batalla de Lepanto influyó en la historia de la veneración a la Virgen del Rosario, quien se le había aparecido a Santo Domingo de Guzmán en 1208, pero cuya importancia en la vida de la Iglesia había venido decayendo desde el siglo XV. Como los soldados cristianos, antes de la batalla de Lepanto, rezaron el rosario, la victoria fue atribuida a la intervención de la Virgen, además de que se dice que el papa tuvo una visión del momento exacto de la victoria cuando estaba rezando el rosario (recordemos que era fraile dominico y muy devoto de esta advocación mariana), por lo que dispuso la institución de su festividad el primer domingo de Octubre, como “Nuestra Señora de las Victorias”, agregando a las letanías en su honor la frase “Auxilio de los cristianos”. Después, el papa Gregorio VIII (1573) cambió el nombre por “Nuestra Señora del Rosario” y San Pio X (1913) fijó definitivamente su festividad el 7 de Octubre.
Así que, como vemos, la batalla de Lepanto no solamente provocó efectos en el corto, mediano y largo plazo en temas de política, comercio, guerra y diplomacia, sino que pervive en la celebración, cada 7 de Octubre, de Nuestra Señora del Rosario, quien tiene en nuestra Puebla de los Ángeles una magnífica capilla, en la casa de los frailes predicadores.